Η Επιστημονική Βιβλιοθήκη του Ασκληπιείου λειτουργεί από τα μέσα της δεκαετίας του ’50. Από το 2006 στεγάζεται σε αυτόνομο χώρο 80 τμ., στο κτίριο του αμφιθεάτρου.

Σκοπός της Βιβλιοθήκης είναι η κάλυψη των πληροφοριακών αναγκών των επιστημόνων υγείας που ζητούν υποστήριξη από αυτή, είτε προέρχονται από το ίδρυμα, είτε είναι εξωτερικοί χρήστες.

Από το 2006 η Βιβλιοθήκη χρησιμοποιεί το ειδικό λογισμικό ΑΒΕΚΤ για την ταξινόμηση της συλλογής της. Η Βιβλιοθήκη διαθέτει υλικό επιστημονικού περιεχομένου και δεν είναι δανειστική.